Con este error me encuentro cuando hago un reboot.
Al parecer esta orden no cierra adecuadamente los progrmas en uso y por eso luego Mysql falla.
Si cuando vas a reiniciar el servicio con
sudo /etc/init.d/mysql restart
Ves que falla
tail -200 /var/log/mysql/error.log
Debes analizar los errores que te salen y ver que sucede.
En mi último caso es que había cambiadao los permisos de la carpeta /tmp y no podía escribir allí un fichero temporal.
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